《混沌初元訣》功法共分四大境界，分別是：納靈境、靈動境、蛻變境和塑身境，也可稱為初期、中期、後期和峰期四境界。每個大境界分別有十二重小境界，共計一百四十四重小境界。暗合無生一，一生二，二生三，三生萬物的大道理念。
把激動的心情平息了下來，至靈啟重新開啟石匣，為了避免幽冥裸桿菌叢再生異端，他迅速出手從石匣中扯下一根小菌杆，隨即快速的關上石匣。
菌杆入腹，陰寒冰刺的小蛇，再次衝入命門，出命門入氣海，出氣海沿任脈進督脈入識海，再由識海經督脈進命門，再出命門入氣海，一圈又一圈的衝擊著至靈啟的神識和魂體。
痛苦淒厲的叫聲，又一次迴盪在山洞中。這次至靈啟的身體沒有栽倒在石鼓上，不過他渾身的青筋如同蚯蚓一般臌脹扭動著。強忍痛苦中的至靈啟隱隱感覺到，自己的力、氣、神正在快速的增強。
面對濃郁的靈力能量，《混沌初元訣》功法自行運轉的速度越來越快。大量的靈力能量和寒毒被吞噬煉化，然後轉化成靈氣，成為了命門、氣海、識海以及各大經脈、穴竅不斷擴充套件壯大的養分。
靈力能量源源不斷的進入，越來越多的靈氣被轉化出來。也不知道過了多長的時間，忽然命門、氣海和識海發生了一絲異變。命門中出現一絲純淨的靈力，氣海出現一絲奇異的靈能，識海也同時生出一絲約兩寸長短棕絲粗細具有超級感應能力的意念神識。
沒有任何的雜質一般，雖然都只是生出一絲，但是卻不象幽冥裸桿菌的靈力能量那般，狂野陰寒不說，還根本無法操控。
至靈啟試著操控剛生成的那一絲神識，至靈啟細細感應中，只覺周圍一切纖毫畢現，比起自己眼睛目力觀察的還要清晰分明得多。
神識不斷向外延伸，他估量著距離，待到約莫五米時，便連忙停了下來，初開神識目前只能夠探查周圍方圓五米的距離，即便是五米的距離上也讓他力有不逮了。
初生的神識還十分脆弱，因此，至靈啟也不敢令其探查感應時間太久，以免損傷根基。
休息了大約一刻鐘的時間，至靈啟感覺剛才神識探查造成的神魂疲憊感才完全恢復。他接著使用神識去控制命門生出靈力和氣海生出靈能。雖然操控生疏滯澀，但行為還是可行的。
對於識海生出神識、命門生出的靈力和氣海生出的靈能，驚訝和探查過後，至靈啟知道自己的修為已經達到了納靈境第二重。
按下激動的心情，至靈啟接著繼續煉化這根小菌杆剩餘的靈力能量。
他知道，在這靈氣稀薄的深淵山谷中，既然自己已經走上了修煉之路，就不能浪費任何一絲資源。自己必須不斷的吞噬煉化現成的幽冥裸桿菌，才能儘快提升修為，才能走出深淵，去尋找改變神魂虛體重新塑造人身的道路。
再次開啟石匣快速掰出一根幽冥裸桿菌菌杆，接著就是拼命吞噬煉化。一根接一根從小到大、從短到長的菌杆被至靈啟掰出吞噬煉化掉，其修為境界也在不斷的提升。
第三根、第四根、第六根、第八根……，納靈境第二重、第五重、第七重……。當第九根菌杆被吞噬煉化掉時，至靈啟感覺此時命門、氣海和識海的體積擴充套件到了半徑三十米方圓，他的神識也發生更大變化。
神識探查範圍擴大到了半徑二十米的方圓，神識感應似乎無孔不入，觀察能力簡直到了細緻入微的程度，在神識的探查之下，先是看到了飄浮於空氣中微小的的塵埃和水汽顆粒。這些塵埃和水汽顆粒讓空氣顯出微微的溼意。
漸漸的神識之力深入了下去，空氣中數以億萬萬計的塵埃和水汽顆粒不停波動跳躍著，宛若漫天的繁星，又彷彿汪洋中的波濤，波光粼粼、浪花點點，分分合合、聚聚散散。
神識之力繼續深入探索下去，忽然感覺有一些塵埃和水汽顆粒上面有著青色的光芒在微弱的閃爍，閃動的光芒雖然很少很弱，但是它們依然沒有逃過至靈啟的神識感知。
“這是什麼？難道這就是存在於天地間的靈氣嗎？”至靈啟第一次看到這種奇異的境況，只是下意識的做出了這種猜想。
他探查到的確實是天地間的靈氣，也正是因為他現在有了強大的神識，所以才能很快就尋到了天地靈氣，其他修真者往往需要幾年，甚至更長的時間才能達到神識入微的境界。
至靈啟現今能夠感應到天地靈氣的存在，他知道待幽冥裸桿菌吞噬煉化完後，如果沒有找到新的天材地寶供自己吞噬煉化，就必須從空氣中吸收靈氣來緩慢提升自己的實力。
稍加思索，他便按照《混沌初元訣》功訣中吸收自然界遊離靈氣的執行方法，開啟命門、氣海和百匯三處大穴，命門到氣海，氣海到識海，再由識海到命門的迴圈行功模式開啟。
不大一會，空氣中的遊離態靈氣就逐漸向命門、氣海和百匯三處大穴匯聚而來，被過濾後慢慢進入命門、氣海和識海，並按迴圈行功線路被吞噬煉化。
從點點繼而匯成細細的一絲，至靈啟神識感應迴圈行功線路中，有那麼一絲似有似無的靈氣線在遊動，執行中略帶溫涼的味道，感覺特別細微也很舒爽。如果不是至靈啟的神識之力足夠強大，很可能感覺不到。
有了第一次成功的經驗，至靈啟試著用神識將周圍命門、氣海和百匯無法吸附的靈氣拘禁拉近身體，於是便有更多的靈氣湧入了至靈啟的三處大穴之中，隨之溫涼的感覺愈加濃厚。
這種感覺非常的奇妙，讓人感覺心底寧靜恬淡，無比的舒適，如同炎炎夏日裡突然吹來的一縷輕風。與吞噬煉化幽冥裸桿菌相比，龐大暴力的陰寒靈氣衝擊撕扯所帶來的絕大痛楚真是令人生不如死。
大約過了一、兩個小時，漸漸的至靈啟熟練的掌握了這種吸收靈氣的方法。只是此時至靈啟發現，周圍的已經被吸收殆盡，自己的神識只能拘禁四周二十米以內的靈氣，超出這個範圍，自己就力不能及了。
儘管如此，至靈啟還是欣喜異常，按照《混沌初元訣》的記載，他現在的情況應該是達到能夠引靈氣入體了，也就是真正的成為了一個修仙者了。
“從現在開始自己就是修仙者了！”睜開了眼睛，至靈啟輕聲的呢喃道。
雖然能夠引靈入體了，至靈啟的心中明白，這僅只是自己向著修仙之路邁出的第一步，要走的路還有著很長。還是先將餘下的十根比較粗長的幽冥裸桿菌菌杆煉化吧！
看著剩下的十根菌杆，考慮到最後必將面臨兩根一尺左右最大的菌杆，想到其中蘊藏的巨大靈氣能量，恐懼之心油然而生。他知道將其折斷吞噬煉化是不可能的，因為靈氣流失是必然的，他絕不能容忍自己因為害怕痛楚而畏懼，讓靈氣損失太不划算。
心急的至靈啟把心一橫，一次撕扯下兩根小拇指粗細接近五寸的菌杆，而且毫不猶豫的納入口中，應該出現的情況不難想象。
堅韌的魂體再次出現撕裂、癒合，吞噬、煉化，再撕裂、再癒合，再吞噬、再煉化……
這樣的過程往返不停的持續著，和前兩次吞噬煉化小菌杆相比，都遠遠不可以比擬的。皮肉、血脈、骨骼、經脈以及內臟，一切一切都在煎熬中不斷地強化。此時，至靈啟的修為如同坐火箭一般向上提升。
第十三根、第十六根、第十七根、第十九根……，納靈境第八重、第十一重、第十二重……。
一天，十天，二十天……從開始煉化第一根菌杆到十九根菌杆全部煉化完成，不知不覺時間已經過去了二十八天。
當第十九根菌杆全部被吞噬煉化掉時，至靈啟感覺此時命門、氣海和識海的體積擴充套件到了半徑七十米方圓，神識探查範圍擴大到了半徑五十米的方圓，命門靈力、氣海靈能、識海神識的能團體積由原本兩寸棕私大小增大到鴿蛋大小。
同時，至靈啟似乎感覺到自己的魂體，隱隱有了向實體塑形轉化似有似無的雛形，至於自己的功力修為和魂體強度具體到了何種程度，因為無法測試和無相對比較所以無從得知。