事實上，《天元突破》這部動畫確實是第十六話才開始走上封神之路的。
這一話的前半段，主要還只是介紹一下打敗螺旋王七年之後，大紅蓮團眾人各自的變化，到了後半段，新的敵人出現——反螺旋族。
可氏三姐妹中的大姐可優在醫院生下一個孩子，名叫安妮，在現場的尼婭，第一時間給男主西蒙打了電話，說這件事情。
兩人正聊著天，結果因為地表上的人口數剛好達到100萬，敵人入侵。
男主結束通話電話，準備應敵，另一邊，女主尼婭手上浮現神秘紋路，很快便消失不見。
路修派出奇米和妲莉兩人所在的GuRa-Pearl小隊，跟入侵的敵人作戰，然而完全不是對手。
原大紅蓮團的兩名成員很是不甘心地說：“要是我們有顏面在的話，那種傢伙根本就是小菜一碟。”
結果路修手底下的人馬上反駁，說顏面是螺旋王的遺物，因為與新時代不相稱所以被全面銷燬，GuRa-Pearl則是對紅蓮螺巖進行研究後，改良成更適合戰鬥的量產機，如果連這個都不是對手，老式顏面更加不可能會是對手。
戰場上，妲莉遇到危險，千鈞一髮之際，是男主駕駛紅蓮螺巖出手，救了妲莉。
指揮部，路修透過大顯示屏看到這一幕，沒有叫好，反而說親自上前線不是男主的工作。
男主這一回再也沒忍住：“傻瓜！保護市民的生命和城市，那不才是我們最重要的工作嗎？太平日子過傻了嗎？”
路修有點生氣，但也只能讓人配合。
男主駕駛機甲，大戰敵人的機體，好不容易將敵人的機體摧毀，王都也因為敵人的機體解體之後產生的爆炸遭到破壞。
然後，路修總算有了抱怨的理由：“明明連敵人真正的身份都還不知道，胡亂反擊一氣，把什麼都毀了，行動太輕率了。”
緊接著，天上，巨大的月亮底下又出現尼婭的身影，向地球人發出宣告：“我們反螺旋族Anti -spiller，判斷地球人類達到螺旋力危險等級第二階段，現在起將發動人類殲滅系統。”
第十七話，宣告完畢，尼婭便消失不見。
路修為了解開謎題，將不知道從哪裡弄來的螺旋王的腦袋喚醒。
另一邊，男主苦找尼婭無果，正在河岸邊失落著的時候，尼婭出現。
不過，此刻的尼婭已經不再是之前的那個尼婭，人格消失，成為反螺旋族的信使，她告訴男主：“螺旋族會給這個宇宙帶來滅亡，為了阻止這種事發生，就有了我們反螺旋族。”
與此同時，螺旋王也在向路修解釋：那些顏面本就是用來對抗反螺旋族的東西，將人類封印在地底下則是因為螺旋族在與反螺旋族的戰爭中失敗了，只能逃回各自的母星。
“鎮壓了這個銀河的反螺旋族，對有螺旋生命反應的行星設定了螺旋生命體殲滅系統，地面上的螺旋生命體超過一定數值後，會自動感應並啟動系統。”螺旋王是這麼說的。
他特意將所有的人類封印在地底下，也是這個原因。
至於為什麼之前沒把這個原因說清楚，則是因為：“被螺旋本能驅使的愚蠢生命，會一味地向天前進，靠語言和理性無法抑制這種衝動，能夠做到這一點的，只有恐怖。”
人類來到地表之後，科技爆炸，進步飛速，也是因為螺旋生命的潛力。
根據螺旋王和尼婭共同的說法，3周後，月球將脫離軌道，撞向地球，這就是所謂的螺旋生命體殲滅系統。
得知情報之後，路修十分驚訝，十分動搖，很快便意識到問題的嚴重性，讓螺旋王絕對不要洩露出去，以免引起市民的恐慌，然而已經晚了。
另一邊的尼婭跟男主西蒙之間的對話是在電視上直播的，所有人都知道了。
“遺傳基因中隱藏有反螺旋分子的人類，居然會作為羅傑姆的女兒出生，實在是造化弄人，但一旦成為啟動了的反螺旋族，我就無法再變回人類了，”
尼婭最後說了一句，退回到反螺旋族的機體之中，消失不見，反螺旋族的機體也對王都發動瘋狂攻擊。
男主親自出手，大戰反螺旋族的機體，保護了人類。
然而，王都內的人們非但不領情，反而群情激昂，怪他將反螺旋族引來。
“這就是我，一路戰鬥至今的結果嗎？”男主十分動搖。
路修本想解釋的，但解釋無果，還被人扔了石頭，然後他當著自己下屬的面說：“必須有人站出來劃清界限，這就是政治。”
於是，男主就被逮捕了，大哥卡米納的雕像被憤怒的人民推翻。
螺巖號的核心鑽頭被路修收走，然後，就在許多人幫路修洗地，以為路修這麼做是為了保護男主的時候，法庭上，路修直接判處男主死刑，而且律師和檢察官都是路修的部下，根本不存在公正一說。
剛剛做出判決，尼婭出現，跟男主說了兩句話，然後，敵人的機體“無顏”出現，對地面發動攻擊。
男主藉此向路修提出要求，讓他駕駛紅蓮螺巖與那些無顏對抗。
這話說出來，路修還擔心男主會逃跑，最後是因為給紅蓮號設定炸彈，以此作為條件，才同意讓男主出戰。
炸彈還是設定在喜歡著路修的可氏三姐妹中的二妹可儂的腰帶上的，也是可儂負責駕駛紅蓮號，隨男主出擊。
好在，男主並沒有逃跑的打算。
這一戰獲勝之後，男主被關押進監獄裡面。
路修則向民眾宣告了超弩級戰艦的存在，表示大家可以乘上戰艦，一起逃離地球，這個訊息也讓民眾十分亢奮，路修的民心和人氣瞬間達到頂點。
當天，無顏再次對地面發動大規模攻擊，路修只能規定一個時間，儘可能多地讓戰艦收容民眾，大部分人都要被拋下。
不過，曾經的大紅蓮團中的許多成員都選擇主動留下來，可唐還在戰艦離開之前找到路修，將男主的核心鑽頭要過來。
規定的時間一到，戰艦便毫不留情地起飛，離開地球，然而這根本就是個陷阱，等著他們的只會是更強大的攻擊，只會是絕望。
與此同時，曾經離開了王都的優子迴歸，將被關押在監獄裡面的男主救出來。
大紅蓮團重組，熱血重燃，加上之前被抓捕，同樣被關在監獄裡面的比拉魯，一行人衝到天上，進入太空。
就在路修等人乘坐的戰艦遭到瘋狂攻擊，即將支撐不住的時候，男主等人出手，一場無比精彩的戰鬥，助戰艦脫離危險，還成功控制住月亮，讓月亮能夠回到原先的軌道上。
獲勝之後，在太空艙中，男主見到尼婭，同時展開兩人之間的一段對話：
“命運是不會改變的。”
“什麼？”
“由於地球人類殲滅系統失效，反螺旋族將進入全面戰爭狀態，他們拿出全力的話，就算是你也贏不了的，反螺旋族的本隊很快就會為了消滅覺醒的螺旋族，來到這個銀河吧。”
這是可以預計的事情。
不過，男主更關心的是另一件事情：“如果我們贏了的話，你能恢復原狀嗎？”
“為了分析你們的資料，我將被召回反螺旋族本星，你說的可能性無限接近於零。”尼婭一臉冷漠地回答。
男主卻沒放棄，反而樂觀地說道：“但並不是零吧？那對我來說就和100%一樣。”
聞言，曾經的尼婭的人格突然恢復，滿臉期待地問道：“你會來接我嗎？”
“當然了，你以為我是誰？”男主很是肯定地回答道。
尼婭感動著，臉紅了一下，很快就在男主面前消失不見。
第二十一話的最後，男主一行人平安返回地球。
“等著我，尼婭。”男主遙望天空，說了一句。
顯然，接下來的主線劇情就是去接尼婭，順便打真正的最終大boss反螺旋族。
跟前十五話的內容不一樣，第十六話到第二十一話，劇情密度簡直可以用“爆炸”來形容，而且一點都不套路，非常精彩。
原本說這部動畫無聊以及懷疑打完螺旋王之後劇情會變得套路起來的聲音都消失了，這部動畫的人氣也開始一步步走高，從一開始的人氣動畫變成超人氣動畫，加上這部動畫的風格跟《死亡筆記》和《魯路修》幾乎完全不一樣，讓林智彥收穫了大批新的粉絲。