時間一週又一週地過去，電視上面，《魯路修》第二季一話接一話地播出。
前面留下的許多坑，也一個接一個地被填上。
比如，最後魯路修和朱雀持槍對峙的那一幕，雖然當時好像只有一聲槍響，但實際上兩人都開了槍，只不過都沒打中要害，然後，朱雀畢竟身體素質較強，飛速朝魯路修衝過去，三兩下就將魯路修抓住。
之後，朱雀將魯路修帶到布里塔尼亞皇帝面前，希望能憑藉抓住zero的功勞，換取一個圓桌騎士的席位。
皇帝答應了。
另外，這個皇帝同樣擁有Geass，可以篡改他人的記憶。
魯路修的記憶就是被皇帝篡改的。
之所以放他回學校，則是為了將引出來，將其抓捕。
只是，知道Geass的情況的人少之又少，導致抓捕過程中被鑽了空子，結果就是，沒能抓到，還讓魯路修恢復了記憶。
洛洛，這個人當然不是魯路修真正的弟弟，而是帝國派來，安插在魯路修身邊的“刺客”，他得到的任務就是抓住，同時，要是魯路修記憶恢復，zero“復活”，就殺了魯路修。
給他任務的人，實際上不是帝國的皇帝，而是，也就是第一季末尾抓走娜娜莉的人。
這個看起來只是個小孩子，然而真正的身份是帝國皇帝的哥哥，和一樣擁有不死之身的人。
帝國皇帝的Geass來自這個，這還沒完，魯路修的冒牌弟弟洛洛，擁有小範圍內停止他人體感時間的Geass，雖然沒有明說，但毫無疑問這個Geass也是來自。
第二季的第一話，卡蓮一開始明明已經成功將魯路修帶走，卻三兩下就被洛洛追上，還莫名其妙地摔了一跤，回過神來，魯路修也被洛洛帶走，就是因為洛洛發動了Geass的力量。
在恢復記憶之後，魯路修很快就意識到弟弟洛洛是假冒的這個問題，不過當時他和那些前來營救他的黑色騎士團殘餘人員還沒脫險，只能先指揮黑色騎士團殘餘人員，與帝國方面的人交戰。
交戰過程中，駕駛著機甲的洛洛出手，差點讓魯路修當場翻車，是前來營救他的一位要員，“四劍聖”之一的卜部巧雪犧牲自己的性命，幫了魯路修一把，才讓魯路修和黑色騎士團的那些人獲得一場勝利，順利脫身。
之後，魯路修一身zero的裝扮，在電視上發表宣言，宣佈zero回來了，要再次成立霓虹合眾國。
恢復記憶，恢復能力，大戰獲勝，在電視上發表復活宣言，這些毫無疑問都是爽點。
不過，魯路修需要面對的問題還很多。
首先就是，他得繼續裝模作樣，假裝自己尚未恢復記憶，假裝那個復活的zero與他無關，否則洛洛以及同樣被安插在學校的體育老師維蕾塔都不會放過他，而且他還不知道娜娜莉的情況，也不敢輕易讓帝國方面知道他已經恢復了記憶。
另外，黑色騎士團的主要成員，包括扇、藤堂以及四劍聖除卜部巧雪以外的那三位，被帝國抓了起來，馬上就要被處刑，必須在記憶恢復一事沒被帝國發現的情況下，引發奇蹟，將這些重要成員救出來。
假裝尚未恢復記憶，這對魯路修來說並不是很難做到，倒是其他事情比較難。
魯路修考慮一番，認為必須先將假弟弟洛洛攻略，讓洛洛從敵人變成自己人。
有這個需要是一回事，此外，他也有點不爽，不爽自己的妹妹娜娜莉被這個不知道從哪裡冒出來的傢伙取代。
用他的話來說就是：
“大家都不記得娜娜莉了，不，是妹妹被假弟弟替換了，不僅篡改了我的記憶，還把學生會的所有人都當成玩具，太過分了。”
“雖是危險的牌，但有相應的價值，沒時間躊躇了。”
“將娜娜莉取而代之的冒牌貨，看我榨乾你的每一滴血，再像破抹布一樣拋棄！”
難度非常大的困局，在他的精心謀劃之下，成功破解，而且兩線同時進行，一場行動，不但將扇和藤堂等人成功解救出來，還將洛洛收服，讓洛洛從敵人變成自己人。
隨後，維蕾塔曾經失去記憶的時候，跟扇發生的事情，被魯路修發現。
魯路修以“維蕾塔老師，你也不想和扇要的關係被揭穿吧”作為要挾，維蕾塔儘管不爽，卻也只能倒戈向魯路修一方。
除了娜娜莉還沒訊息以外，短期面臨的問題，都被魯路修成功解決。
前面的內容叫爽，這一大段更爽。
只是很快，新的問題出現。
11區新任總督人選確定，居然是娜娜莉。
從布里塔尼亞回到學校的朱雀，撥通娜娜莉的電話，以此來試探魯路修是否恢復了記憶，魯路修利用洛洛施展Geass的力量幫忙爭取來的幾秒，跟娜娜莉簡單說明自己的處境，然後，未免恢復記憶的事情暴露，他只能假裝不認識娜娜莉。
在娜娜莉被護送來11區的途中，魯路修帶著黑色騎士團的人發動襲擊，希望能將娜娜莉救走。
只是，好不容易見到娜娜莉，娜娜莉卻並不知道zero就是他，還說他的做法是錯誤的。
之後，娜娜莉說出自己的願望，希望能繼承尤菲米婭的遺願，重新建立霓虹行政特區，然後像當初的尤菲米婭一樣，邀請身為zero的魯路修加入。
魯路修內心十分動搖，陷入兩難的境地。
這時，總督護衛艦出現故障，即將墜毀，朱雀也駕駛蘭斯洛特趕到。
魯路修朝娜娜莉衝過去，想要將娜娜莉帶走，然而娜娜莉卻主動迎向朱雀。
最終，娜娜莉被朱雀帶走，魯路修計劃失敗。
這次事情之後，魯路修大受打擊，一度想要自暴自棄，直到後來他才發現，原來他的戰鬥已經不僅僅是為了娜娜莉。
海底，黑色騎士團眾人躲藏的艦艇被找到，眼看著就要全軍覆沒，重新振作過來的魯路修出手，帶領眾人渡過危機，接著宣佈黑色騎士團全體成員將加入霓虹特區。
這一決定，讓帝國方面的人驚訝不已。
在與朱雀等人的密談之中，魯路修提出會在特區成立當天，動員百萬人參加，條件是放過zero，不追究zero犯下的罪行，只驅逐出境，其他人可以按罪論處。
帝國方面的人，搞不懂他的想法，甚至還有人嘲諷他，說他為了自保，不惜出賣那些相信他的人。
當天，真的有無數人參加典禮，只是當赦免zero這個條件被提出來，臺下的人紛紛釋放煙霧，然後，前來參加典禮的黑色騎士團眾人穿上黑衣，繫上披風，戴上黑色頭盔，打扮成zero的樣子。
zero從具體的某個人，變成一個符號，赦免zero，變成赦免黑色騎士團全體成員。
朱雀等人一臉懵逼，最終只能眼睜睜地看著那些打扮成zero的人光明正大地離開。
一連好幾話，虐的地方當然有，但要說很虐也不至於，總體來說還是爽番的展開。
觀眾們看得爽，看得過癮，自然人氣不掉，好評不斷。
尤其第八話那裡，百萬人打扮成zero，光明正大地離開11區，讓帝國方面的人狠狠吃癟，簡直就是神之一手，以至於這一話播完之後，動畫的人氣還漲了不少，動畫的周邊產品，尤其zero的套裝，包括三萬多円一個的定製頭盔，更是賣得火熱。
趁著動畫的人氣大爆，林智彥也讓人公佈了第二季第一卷DVD的相關訊息，包括具體的發售時間以及附帶的特典。