張獻忠死了之後，趙率舟帶兵繼續剿殺殘餘的大西軍潰兵。
關鵬則帶著人開始在四川各地尋找進入山中避禍的百姓，勸說他們重新返回家園，恢復生產。
同時關鵬又派出人馬剿撫並用，清理四川各地的山賊土匪。
張獻忠的死，並不意味著四川人災難的結束。
甚至可以說，川人的災難不過剛剛演完第一幕。
第一重災難是饑荒。
張獻忠據蜀期間，破壞了農業生產的正常進行，絕大多數耕地都被撂荒，積存的糧食則被搜掠淨盡。
所以張獻忠部走後，四川遇到了嚴重的饑荒，糧價大漲。
從張獻忠入蜀到他最終敗亡，前後兩年有餘。
被殺害的百姓不計其數，逃入山中避禍的百姓更是難以統計。
老弱婦孺被殺，窮困飢餓而死難以計數，僥倖活下來的青壯也多被張軍拉去當兵，大量的田地荒蕪，老百姓攢下的糧食則被張軍搶走了。
在這種情況下，四川百姓陷入了嚴重的糧食危機當中。
彼時，一般的漢族地主都沒有了餘糧，手中有糧食的只有那些經歷了數百年傳承的西南各地土司。
這些土司囤積居奇，更是讓糧價暴漲，米一斗銀十餘兩，嘉定州三十兩，成都、重慶四五十兩，是承平時期的數十倍不止。
而且往往還是有價無市。
家有錢財的人畢竟不多了，於是不可避免地出現了吃人的現象。
《五馬先生紀年》載，張獻忠死後，地方秩序恢復，傅迪吉因事由簡州赴成都，親眼看到吃人。
他記載，一路都是饑荒景象。
“宿譚家場，這裡還有人家。
見到有七八個人，餓得將死，睡在板上，時而張（手），時而睜目。
明日，翻山到了毛家坡，見溝下有煙，我於是令人到那裡討火，正撞住殺人吃，我的僕人將強盜鎖綁來，問他們肉從哪來，他們說從賀家場弄的。
讓他們帶路到賀家場，見有七八人，搜出一大袋。
將一少婦打起，問：‘你們何故吃？’她說：‘我們有何本事殺得！是公婆將死，去與申從天、申從文弟兄買來。
’餘問：‘怎麼買來？’答以：‘一兩銀五斤。
’”吃人之事，在彼時的史料中記載甚多。
再引歐陽直的親身經歷：“我在軍營中聽說外面有吃人的事，我還不信。
不久，隨撫軍馬公駐內江，鄉紳範文英的弟弟帶著他母親來求糧食，馬公給了他幾升米，不料回家的當夜就被鄰居把糧食搶走，又把範的弟弟殺了.”
及到後來，歐陽直自己也免不了：“後來我路過威遠的時候，遇到十數個飢人。
他們叫我們過去和他們同路走，我們不敢過去。
他們大聲喊叫說：‘你們走也走不遠，不如留下兩個給我們當糧食吧！’”以上種種駭人聽聞的慘劇在當時的四川可以說是司空見慣，比比皆是。
雖然歷史已經被改變，沒有了清兵，變成了齊軍入川擊敗張獻忠。
但是面對的爛攤子卻不會因此改變。
關鵬帶兵入川之後，看到種種慘象，心中不忍，連續向齊皇沈墨上書表奏四川百姓的悽慘，請求派遣一名精幹大臣入川主持戰後恢復之事，並且從外省調派糧食來賑濟災民。
沈墨收到關鵬的上書之後，對於四川的種種慘象，雖然心中早有準備，但是看到那一行行的文字還是觸目驚心。
次日，齊皇沈墨下詔任命吏部尚書呂歸塵任四川總督，前往四川主持一切戰後恢復安撫示意，並任命關鵬為四川都指揮使，協助呂歸塵安撫四川，儘快恢復生產生活秩序。
趙率舟則被齊皇任命為西南招討大元帥，繼續帶著齊軍主力平定四川各地的流寇餘孽還有各地不服大齊朝廷管轄的土司。
必要的時候可以帶兵進入雲貴廣西等地。
雖然這些地方名義上還是南明朝廷的地盤，但是齊軍根本不在乎。
呂歸塵接到沈墨任命之後，立刻選拔了一批年輕的官員，跟著他們一路沿著運河南下，乘坐齊軍水師的戰船直入長江，向著四川而來。
同時，在濟寧城，齊皇將從孔府手中弄到的數百萬石糧食也跟著呂歸塵同時前往四川。
同時又派人前往江南籌糧。
說是籌糧，其實就是找南明朝廷借糧。
南明朝廷雖然弱小，但是卻佔據著天下最富饒肥美的江南和湖廣地區，大糧商比比皆是，糧食絕對是不缺的。
在安排人借糧的同時，齊軍水師艦隊又在南京附近的長江上舉行了一場聲勢浩大的演習，其中用意不言自明。
而且，齊國大將高遠也帶著十萬齊軍從京城趕到了徐州一帶。
這一番動作自然又讓南明朝廷心驚肉跳，所以齊國籌糧的事情也很順利，短短時間又籌到了百萬石糧食，分批由齊軍水師運往四川。
隨著呂歸塵入川以及大批的糧食進入，四川的災情得到了有力遏制。
呂歸塵在四川各地迅速打起了官府的架子，跟著他一起入川的那些年輕官員們被派去各地上任。
這些官員們去上任的時候都帶著糧食，在各個城池門口設定粥棚，賑濟災民。
又同時在城中開設官營的糧鋪，平價甚至低價售賣糧食。
同時，關鵬也給各地官府派出了軍隊，用來打擊那些偷盜搶劫糧食，殺人吃肉的罪犯，一旦現場抓獲，嚴懲不貸。
透過種種手段，四川的饑荒終於得到了有效緩解，各地開始逐步恢復生氣，生活生產秩序逐步恢復。
四川百姓的第二重災難則是當時所謂的“搖黃”起義軍。
“搖黃十三家”原是四川本地的十數股農民起義軍，他們糾集在一起的目的，從其各部首領的名字上就可以看出來：“爭食王”“奪食王”“闖食王”……這不太像陝西大亂初起時，各農民軍首領模仿《水滸傳》風格起的那些外號，倒頗有些《西遊記》中魔王們“獅駝王”之類稱號的風采，而其所作所為也頗似食人魔王。
他們稱首領為“掌盤子”，內部有一套行話：稱殺人叫“折割”，鎖人叫“帶線”，埋伏叫“卡子”，與土匪似乎區別不大。
《南明史》說，他們“後來同當地官匪糾結，變成一種不倫不類的武裝”。
他們有時與各地小股土匪結合，有時又受僱於官兵，為其打土匪。
雖然他們規模沒有張獻忠浩大，但所作所為酷烈過於張獻忠。
歐陽直《蜀警錄》載：搖黃賊攻破長壽、鄰水、大竹、廣安、嶽池、西充、營山、定遠各州縣，城野俱焚掠，炮烙弔拷後，盡殺紳士及軍民老弱男婦，擄其少婦幼子女人入營，所獲壯丁用生溼牛皮條捆之，交其面背糧，無人得脫，積屍遍地，臭聞千里。
張獻忠敗亡後，他們聲勢大振，可惜此時四川財富已經淨盡，他們只好全軍以人為糧。
歐陽直評論說：“張獻忠部軍紀嚴明，他們殺人，是在執行長官命令，至搖黃賊營內沒有軍紀可言，隨軍小孩子都可以擅自殺人，他們是逢人便殺。
我後來被搖黃賊擄入營中，親眼見到他們的暴行.”
張獻忠死後，這些所謂的起義軍反倒是成了四川最大的禍害。
所以趙率舟和關鵬兩人聯手組建了一支專門針對搖黃十三家的軍隊，又從當地百姓中尋找了一些熟悉地形的嚮導，對搖黃十三家進行了嚴厲打擊。
這些人欺負屠戮百姓無往不利，但是遇到了強悍的齊軍之後，節節敗退，雖然藉著四川複雜地形能夠勉強支撐，但是很快就沒有以前那麼無所顧忌了。
在經過半年多的剿滅後，搖黃十三家損失慘重，大部分都被齊軍剿滅，剩下的要麼偷偷下山重新當回百姓，要麼躲在身上老林中苟延殘喘。
齊軍的剿匪策略這時候也發生了變化，將軍隊分成小股部隊，在當地百姓的帶領下，以拉網式進行密集搜尋，進一步的壓縮這些人的生存空間。
又經過數月，搖黃十三家基本上被清剿一空，再也無法危害百姓。
四川百姓的第三重災難則是瘟疫。
死人既多，瘟疫隨生。
《蜀碧》：其時瘟疫流行，有大頭瘟，頭髮腫赤，大幾如鬥；有馬眼瘟，雙眸黃大，森然挺露；有馬蹄瘟，自膝至脛，青腫如一，狀似馬蹄。
三病，中者不救。
為了遏制瘟疫，呂歸塵採取了很多措施，不僅從四川本地尋找郎中，還上奏齊皇沈墨，請求從外省徵調郎中趕赴四川支援。
在經過了數月的努力之下，四川瘟疫的態勢也得到了有效遏制。
四川百姓的第四重災難則是虎災。
屍體遍地之際，野狗突然多了起來，數十成群，人不敢近。
更讓人驚異的是，老虎的繁殖力似乎突然增長了百十倍。
在四川各地，都出現了大批老虎。
經常有成群的老虎，公然出入城市，在屋脊上閒庭信步。
歐陽直說：“張獻忠走後，突然四川遍地皆虎，或者七八隻，或者一二十，爬樓上屋，渡水登船，真是古所未聞，讓人難以置信。
我從內江逃出的那個夜晚，四次見到老虎。
坐船在敘南行走時，看見沙洲上大虎成群。
過瀘州，岸上虎數十，魚貫而行.”
這些虎吃人吃夠了之後，遇到活人，專以咬死為務，殺戮之後揚長而去。
原本歷史上，順治七年（公元1650年），四川巡撫張春向皇帝報告，他好不容易在南充縣招徠了五百零六人，不久，居然給老虎吃掉了二百二十八人。
針對虎災，齊軍抽調神機軍組成了數百支滅虎隊，到處滅殺這些吃人的猛虎。
經過數月努力，大部分的老虎被滅殺，剩下的也都重新逃回山林之中，輕易不敢再進入城池村寨。
經過齊國君臣上下齊心努力，四川迅速地從重重災難中恢復過來，原本荒蕪一人的村落裡又重新冒起了炊煙，又有了雞鳴狗吠之聲。
原本蕭索的城池中人煙也逐漸繁盛起來，商家叫賣之聲也開始迴盪在大街小巷。
原本橫行無忌的盜匪山賊基本上很難再看見蹤跡，反倒是能時時看見軍機嚴密的齊軍巡邏隊四處巡邏。
被張獻忠盤踞四川，又加上重重災難，四川人口十不存一，甚至更少。
沒有人，萬事都無從談起。
所以，呂歸塵又上書齊皇，請求從外省遷移人口入川。
元末的時候，四川也是主戰場之一，人口損失嚴重。
後來朱元璋定鼎天下之後，又遷移了大量的外省人口填入四川。
不過遷移人口畢竟是一項大事，並非輕易能夠做成。
而且北方各省經過連年戰亂，人口也損失嚴重。
倒是江南各地，因為沒有了清兵南下這一檔子事情，所以人口基本上沒有損失太多。
要想遷移人口，肯定主要要從江浙乃至湖廣地區遷出。
但是這些地方又都處於南明的地盤。
所以齊皇決定拿下南明，完成天下統一。
大齊復興元年六月十八日，齊皇派人給南明朝廷送去了一封國書，要求南明弘光皇帝主動退位，宣佈南明併入大齊。
限期一月，否則就要盡起大軍來攻打南京。
弘光雖然知道遲早都有這麼一日，但是依然惶恐不安，不知所措，召叢集臣商議此事。
結果群臣大多數竟然都贊成歸順大齊，弘光瞠目結舌，知道滿朝大臣早都心向大齊了，心中絕望。
無奈之下，只能親自攜帶皇帝寶印，帶領文武百官開啟南京城門向著齊軍大將高遠投降。
南明遂亡，大齊至此終於完成了天下一統的大業。