在大戰了一天一夜之後，雲隱部隊雖然勉強穿過了巖隱村的封鎖，但是雲隱村的忍者也近乎死傷殆盡。
三代雷影艾看著身後僅剩下的上百名雲隱村忍者，心情沉重，在臨危之際，他將雷影之位交給了夜月靄，並下令讓夜月靄與奇拉比帶著剩餘的雲隱部隊撤退。
孤身面對巖隱村近乎上萬的忍者部隊，三代雷影艾施展了雲隱村的秘術，燃燒自己的生命力換取了巔峰戰力，他以一己之力擋住了巖隱村的萬人部隊，在激戰了三天三夜之後，最終被大野木的塵遁·限界剝離之術殺死。
後來遲遲趕到的雲隱村大部隊再怎麼憤怒也於事無補了，夜月靄還想要帶領雲隱村的大部隊殺向巖隱村，但是這時，木葉的大部隊已經殺向了雲隱村。
無奈之下，夜月靄也只能帶領雲隱村僅剩下的八千人大部隊退守雲隱村，阻擋著木葉大軍的進攻。
面對強勢的木葉，雲隱與巖隱一開始還打算負隅頑抗，不過隨著木葉切斷了兩大忍村所有對外交流的通道，兩大忍村內的生活戰爭物資飛速消耗，僅僅是一個半月，雲隱村與巖隱村便相繼投降了。
剩下的半個月，便是木葉一方和雲隱村以及巖隱村的談判，三大忍村在賠償問題以及俘虜贖煥問題上展開了激烈的爭吵，會議一連持續了將近二十天，三個大國才逐步達成了統一的意見。
伴隨著一項項停戰協議的簽訂，已經持續了四年的第三次忍界大陣終於算是徹底終結，木葉營地中的赤，也終於可以跟著大部隊，迴歸木葉村了。
赤所在的這支部隊只是先行的第一批返回部隊，由三代火影猿飛日斬帶隊，志村團藏，宇智波真谷，自來也四人帶隊，帶領一萬人的大部隊返回到了木葉村。
十天之後，遠處的木葉村已經逐漸顯露在眾人的眼中，木葉村大門口，轉寢小春和水戶門炎二人帶領木葉村的居民熱烈歡迎了歸來的大部隊。
看著眼前熱鬧的一幕，赤並沒有參與，接下來應該就是三代火影發表演講了，他對於這種充滿了政治性的事件一點興趣也沒有。
擠開人群，赤離開了大部隊，步入木葉村中，隨便逛了逛之後，便回到了自己的家中。
用風遁將自己房間中灰塵全部掃出屋外後，赤開始透過剛剛擴充套件到木葉村的生命網路聯絡奈落，一道龐大的意志降臨，赤和奈落降臨的意志簡單交流了一會，面上露出一抹了詫異之色：“驚喜？”
赤吃過午飯後，便離開了自己的房間，再一次來到了死亡森林中，雙手結印，施展出了通靈術，想要看看奈落口中的驚喜。
遠超以往使用通靈術的大範圍白煙升起，一聲兇悍的咆孝聲響起，有著金屬色澤的赤色甲殼出現在赤的面前，一頭長相和藍星食肉牛龍有些相似的巨大通靈獸出現在了赤的身前。
暗紅色的雙眼俯瞰著身下的赤，巨獸伸身長足有四十多米，身高接近二十米，頭上長著一對犄角和一張佈滿利齒的巨口，全身覆蓋赤色甲殼，背上生有如火焰般彎曲，向上生長的藍色的散熱甲殼。
巨獸的尾巴長度幾乎與它的身體持平，帶著充滿了力學美感的弧度，猶如一口巨大的刀刃，覆蓋著寶藍色精美甲殼，伴隨著巨獸無意識的甩動，巨大的威刃在地面上撕裂出了一道道深深的痕跡。
這樣龐大的體型和那一條看著就十分危險的尾刃，讓赤眼前的巨獸有著別樣的衝擊力與威懾力，而且赤還在這頭巨獸的體內感受到了不下於影級的龐大查克拉，這頭巨獸的戰力絕對不亞於自來也的蛤蟆文太和大蛇丸的萬蛇，甚至猶有過之。
“我沒記錯的話，你應該是叫做斬龍吧，的確是個不小的驚喜。”
赤直接跳到了斬龍低垂的頭顱上，站在斬龍頭頂的兩隻犄角中央，伏下身來感受著斬龍體內龐大的查克拉與生命力，赤點了點頭，雙眼化作萬花筒寫輪眼，一點點解析著斬龍的肉體構造。
“爆遁血繼限界，屍骨脈血繼限界，火遁的術式，充滿了生命力的強大肉體與臟腑，的確是一頭專門為戰鬥而生的恐怖存在，這樣的話，行動的把握就更大了。”
赤看著身下的寂靜無聲的斬龍，從斬龍的身上跳下來，雙手結印，解除了斬龍，將斬龍送回到了奈落身邊。
不過在斬龍消失之後，赤的身前出現了一株血紅色的結晶之樹，結晶之樹不過一米高，看上去就好似一個精美的工藝品，不過赤知道，這株結晶之樹，就是奈落生命網路的一個節點。
只要將這株結晶之樹種在一處地方，結晶之樹便能自行連線奈落的意志，吸收空氣中游離的自然之力，慢慢化作生命網路的分體，在這一處地域展開生命網路。
赤在死亡森林的深處將結晶之樹種下，伸手佈置了一個結界，隨後便離開了死亡森林，不過在走之前，赤還掃蕩了死亡森林一圈，用生之楔吸收了龐大的生命力，儲存在自己的左眼萬花筒中。
之後的一個月，赤一直遊走在自己的家與死亡森林之間，一邊在家中研究各種秘術與忍術，嘗試完成永恆仙人模式，另一邊則是在死亡森林中，訓練斬龍，看看這頭奈落創造出來的通靈獸的真實戰力怎麼樣。
在這期間，赤還吞服了奈落交給他的血色寶石，讓自己斷裂的左臂重新長了出來，木葉中的眾人雖然對赤重新長出來的左臂十分驚奇，但是礙於赤的實力與身份，也沒有人敢當面詢問赤。
一個月之後，伴隨著所有木葉部隊全部迴歸木葉村，第三次忍界大戰終於是宣佈完結了，而就在這一天的夜裡，躺在床上的赤驟然睜開了自己的雙眼，身形瞬間消失在床上，流刃若火拔出，抵住了身前一名黑衣面具忍者的後心位置。
“團藏的人嗎，來我這裡幹什麼。”
流刃若火緩緩刺出，撕開了根部忍者的馬甲，刺入了他的嵴背上，不過看著身前身體僵硬，好似沒有任何感覺的根部忍者，赤眉頭一皺，將手中的流刃若火收了起來。
“奉團藏大人的命令，邀請赤大人前往根部。”
“根部嗎。”
赤一把抓起身前根部忍者胸前的衣服，將這名根部忍者從房間中丟了出去，將流刃若火插在自己的腰間，赤看著眼前的房間，面上一笑，身形瞬間消失在了房間中。
跟著房間外早已等候的兩名根部忍者，赤走到了一處極為偏僻的街道，在穿過重重幻術結界之後，赤才算是來到這個隱藏了木葉幾乎所有汙穢與黑暗的地方，根部基地。
雙眼化作三勾玉的寫輪眼，赤看著隱藏在路兩旁的數十名根部精銳，嘴角勾起了一抹冷笑，默不作聲的跟在帶隊的根部身後，逐漸來到了根部的最深處。
“宇智波赤，歡迎來到根部。”
志村團藏坐在黑暗中，身後是兩名精英上忍，和十數名根部的上忍，團藏看著到來的赤，面上一笑，口中傳出了陰冷的笑聲。
“叫我來幹什麼。”
赤自顧自的找了一個座椅坐下，流刃若火驟然插下，一聲巨響，地面崩裂，流刃若火被赤深深插入了地面中。
“宇智波赤，老夫希望你做個明白人，宇智波一族是註定要衰落的，如果你現在選擇投入根部中，老夫可以註定讓你成為根部副首領，等到老夫百年之後，你便是執掌木葉之根的忍界之暗！”
志村團藏看著赤，開口說道，執掌根部這個木葉村中僅次於火影直屬暗部的大勢力，對於木葉村的任何人都有著十足的誘惑力，可惜，赤不在乎所謂的根部，也看不上什麼忍界之暗。
“你要說的就只有這些嗎，那麼，我就給你一個明確的回應吧，團藏。”
赤站起身來，來到了志村團藏身前五米之處，看著瞬間出現在團藏面前的十數名根部精英，赤面上露出一抹冷漠之色：“根部的副首領？我沒有興趣做一個隱藏在黑暗中的，已經腐爛的樹根。”
“即便是所謂的火影在我看來也算不上什麼，不要妄圖用權利來約束我，因為我對此不敢絲毫興趣；不要試圖用力量來壓迫我，因為我的力量遠在你，遠在根部，甚至是遠在木葉之上！”
“權利的遊戲也好，力量的壓迫也罷，亦或是你打算以所謂的宇智波一族來逼迫我妥協也好，這些手段全都沒用，所謂的火之意志，我根本沒有，也不會認同這樣洗腦一樣的可笑意志。”
流刃若火緩緩出鞘，熾熱的火焰在赤的身前躍動，橙紅色的火焰在一瞬間將四周的黑暗一掃而空，露出了面色凝重的根部精銳，以及被根部精銳保護在中央的，面色陰沉至極的志村團藏。
“宇智波赤！你放肆！你想要在根部動手嗎！你知道這意味著什麼嗎！”
志村團藏雙手結印，狂暴的颶風將身前逐漸蔓延而來的爆炎擋住，獨目冰冷的看著被火焰包裹的赤，口中大喝道。