數日後，長安城內延續著血雨腥風。為了斬草除根，將李建成的五個兒子安陸王李承道、河東王李承德、武安王李承訓、汝南王李承明、鉅鹿王李承義；李元吉的五個兒子梁郡王李承業、漁陽王李承鸞、普安王李承獎、江夏王李承裕、義陽王李承度，全部殺掉,並且將他們從皇室宗籍中除名。唯獨的漏網之魚──李建成幼子李承文與聞喜郡主李婉順一起失蹤了，下落不明，成為當時一個懸案。
聖上聽說自己的十個孫子要被誅殺，找李世民苦苦哀求其手下留情，但是長孫無忌等人力勸秦王要斬草除根。
聖上在痛失這十個孫子後，對李世民痛斥：
“今日你殺了我的子孫，總有一天你的子孫也會遭受同樣的命運。”
自從李婉順及李承文失蹤後，李婉順的玩伴──通事舍人劉應道曾找到袁天綱，急切地詢問李婉順的下落，袁天綱均以不知道打發他走。但是，劉應道不甘心，找遍了整個長安城，均未見到李婉順的身影，好像她與幼弟人間蒸發了。
袁天綱親眼見到這位痴情男子整個人都頹廢了，整日都借酒消愁。為了保護李婉順與李承文，袁天綱咬牙絕口不透露一絲資訊。
秦王府諸位將領想全部誅殺李建成、李元吉左右的一百多人，並籍沒他們的家人和財產，高士廉堅決反對說:
“只懲首惡，餘黨不問。現在已經誅殺了太子、齊王，假若再株連他們的黨羽，不利於國家安定！”於是李世民下令停止誅連太子、齊王黨羽。並下詔大赦天下。
玄武門之變後，長安朝廷才安定下來，但是地方政府追捕太子、齊王餘黨之風愈演愈烈。
六月十日，益州行臺右僕射竇軌殺掉益州行臺尚書韋雲起。
竇軌殺與行臺尚書韋雲起、郭行方關係不好。韋雲起的弟弟韋慶儉是前太子李建成的屬官，前太子李建成死後，竇軌誣陷韋雲起與前太子李建成同謀造反，逮捕殺了他。郭行方害怕逃跑回長安，竇軌命令去逮捕他，沒追上。
竇軌此行為應驗了兩年前袁天綱在看相時，說他在益州任職期間有政績，但殺伐無度的預言。
六月十七日，幽州大都督廬江王李瑗謀反，隨後被他手下的右領軍將軍王君廓殺掉。
當初，聖上因李瑗懦弱膽怯，不是將帥之才，派王君廓輔佐他。王君廓為人勇悍，陰險狡詐，李瑗推心置腹地依仗著他，並答應與他結為婚姻。
前太子李建成謀害秦王，秘密地與李瑗相互勾結。前太子李建成死後，詔命李瑗回長安。
廬江王李瑗內心不安，與王君廓謀劃此事。王君廓想捉取李瑗來表功，就勸說道:“大王假若入京都去，必然沒有保全的道理。如今擁有數萬軍隊，怎麼能自投羅網回長安？”
於是廬江王李瑗起兵謀反，王君廓趁機將他殺後，把他的首級傳送到長安邀功。
當初，東宮洗馬魏徵經常勸說前太子李建成趁早除掉秦王李世民，玄武門之變後，李世民召來魏徵，對他說:“你為什麼離間我們兄弟？”
當時在場的人都替他擔心，魏徵卻舉止自若，對答說:“前太子如果早先聽從我的話，一定沒有今天的禍害出現。”
李世民平素器重他的才華，就立刻改變態度，以禮相待他，任命他做諫議大夫。
為了制止全國性範圍的大抓捕餘黨之風，李世民在高士廉的建議下，頒佈太子令：
“六月四日以前受太子、齊王牽連的；六月十七日以前受李瑗牽連的，一併不得相互告發，違犯者以誣告罪治罪。”
李世民專門任命魏徵兼任河北道宣慰使，聽以便宜行事。
魏徵宣慰到磁州，磁州官府正好抓到前太子千牛李志安、齊王護軍李師行，準備押送到長安。
魏徵說：“本官受命山東道宣慰使，朝廷大赦天下，前太子、齊王餘黨都已赦免，現在又抓李志安、李師行等人，則誰還相信朝廷大赦令？本官不可以因避嫌而不為國家考慮。並且本官既然蒙國士之遇，敢不以國士報答呢？”
於是魏徵將李志安、李師行赦免釋放後，全國性的逮捕太子、齊王餘黨之風才剎下來。魏徵完成使命後回京稟報太子李世民，太子李世民非常高興。
在朝廷大赦令的感召下，太子餘黨馮立自動從躲藏地出來投案自首。
李世民見到馮立，恨得直咬牙：
“你在東宮時，經常間離我和李建成之間的兄弟關係，這是第一項罪；玄武門之變，你率兵殺了不少我們不少人，這是第二項罪。你犯下這兩項大罪，為何逃跑？”
馮立對答：“為主人盡忠，是做臣子的本份！當日是忠於所事，無所顧忌。”說完，就伏地痛哭。
李世民慰勉道：“你是忠義之士。”於是任命馮立為左領軍將軍。
馮立感動地痛哭流涕：“逢殿下天大的恩情，幸而獲赦免死罪，終當以死報答！”
齊王餘黨薛萬徹逃亡到終南山隱藏起來，李世民賞識他是一位難得的猛將，多次派人曉諭他，他自感攻打秦王府殺了不少秦王府衛士，罪劣深重，躲起來不肯見面。李世民只好請薛萬徹的老上司──兵部尚書李靖親自去一趟終南山找他，他才出來自首。李世民當即赦免薛萬徹的罪，還任命他為右領軍將軍。
後來，李世民還把自己的親妹妹，唐高祖李淵的第十五女丹陽公主嫁給薛萬徹，婚後他們夫妻還鬧了一個大笑話。
八月初八，聖上在一系列痛失權力、愛子及愛孫的打擊下，萬念俱灰，頒佈詔命自請退位，將皇位傳位給李世民。李世民作秀般再三推辭，聖上沒有許可。
八月初九，李世民即皇帝位，立長孫無憂為皇后，立李承乾為皇太子。尊李淵為太上皇。
李世民即皇帝位後，立即連下三道詔命：
“一是大赦天下。二是免除關中六州二年賦稅徭役，其他各地免除一年賦稅徭役。三是大幅削減皇宮中宮女數量，放這些宮女出宮嫁人。”
詔命一下，全國都稱李世民皇上聖明。