後世稱為“秘密戰爭”的最初起點，就來自於這座羅馬地下城市擁有的一間地牢審訊室。
審訊人員在發現自己想要的東西之後，便依照自己擁有的許可權自作主張對地牢裡關押的斯庫魯人重新審問了一遍，果不其然發現了一些不得了的東西。小秘書直到被送上不朽之城的地牢入口時都還沒弄明白這是怎麼回事，不過她還是按照流程將這份報告牛皮紙封皮上蓋著深紅保密等級印章的檔案交給了高等級情報分析員以及芬布林之冬第一機密團的情報官。緊接著，原本只有值班人員的情報部門大樓視窗接連亮起了燈光，通訊衛星將呼叫請求送往了情報部門各級官員的通訊器裡，居住大樓裡陸陸續續走出了一批睡眼惺忪，穿著黑色制服的情報官員。
再然後小秘書就被送出了情報部門，她的表情依舊一頭霧水不明所以。
她抱著檔案走進了內政部門大樓，內政部大樓在一陣寂靜之後也亮起了燈，各級別的電話相繼被打通。直到禁衛軍康斯坦丁接起了電話，這個聯絡呼叫網路才總算告一段落。禁衛軍康斯坦丁沉默著站在黑暗的辦公樓中，手捧平板電腦瀏覽著電子檔的審訊報告。一份來自芬布林之冬第一機密團、一份來自情報部門、一份來自審訊部門，只有三份報告完全一致才是可信的報告——這份報告幫助不朽之城理清了卡羅爾·丹弗斯帶領斯庫魯人離開地球之後發生的事。正如之前所預料的那樣，沒有任何一個具有高等文明的外星種族願意接納斯庫魯人，哪怕是隻能在自己所在的恆星系內航行殖民的文明，也多多少少聽過斯庫魯人的大名。
所以在一個相當尷尬的時間點，卡羅爾·丹弗斯又把那艘裝載著斯庫魯人的克里人軌道空間站給推了回來，並且承諾一定會幫助斯庫魯人尋找到新家園。那個時候，軌道空間站上的斯庫魯小孩都已經成年，新生一代對於尋找新家園的期望遠沒有老一輩那麼強烈。
時任神盾局局長的尼克·弗瑞立刻察覺到了卡羅爾·丹弗斯的潛臺詞，他也是在那個時候有了建立以斯庫魯人為核心員工的天劍局的打算，他判斷斯庫魯人尋找新家園的過程絕對不會那麼順利，而事實也確實如此。
鑑於卡羅爾·丹弗斯第一次返回地球的經歷，尼克·弗瑞認為能與斯庫魯人達成一定的合作關係。然而就像他是個習慣性隱藏秘密的人，斯庫魯人也隱藏了秘密——有部分新生的斯庫魯人認為，沒有必要捨近求遠尋找新家園，無論是遠古神話還是現實都表明眼前這個不起眼的星球就是斯庫魯人最好的殖民地。這種危險的思潮在卡羅爾·丹弗斯的失敗之後廣為擴散，但管理整個斯庫魯人群裡的還是尼克·弗瑞當年的老朋友，因此還能規範年輕斯庫魯人的行動，一點民粹主義的思潮還不算什麼大事。
直到多年前那個頂替尼克·弗瑞的斯庫魯人被薩洛蒙殺死，整個斯庫魯人族群這才有了反應。包含了復仇、殖民等思想的思潮逐漸佔據上風，再加上尼克·弗瑞並沒能正在加入到斯庫魯人的管理當中，也就導致了許多新生代斯庫魯人藉口長期任務常駐地球，其中有些斯庫魯人更是乾脆拋下了明面上的任務，自由自在地融入了人類社會。為了不讓尼克·弗瑞起疑，對斯庫魯人失去信任，那些負責管理的斯庫魯人還必須為這些年輕斯庫魯人的行為進行遮掩。
根據維多利亞·漢德匯總的情報，尼克·弗瑞知道這件事，但卻忽視了斯庫魯人新生代的力量與規模。就和他小看了神盾局內部異常情況一樣，如果事情這麼繼續發展下去，那麼與九頭蛇叛亂類似的斯庫魯人叛亂是遲早會發生。維多利亞·漢德在拿到情報之後就與禁衛軍進行了溝通，確定了接下來的行動方針。
這是一場你死我活的暗中戰爭，不朽之城必須獲得勝利。
“加強審訊力度，弄清楚所有細節。”禁衛軍直接向審訊者下達了指令，“不要擔心傷亡，這些異形的生命就是為了提供情報。挖出它們的眼睛，斬斷它們的四肢，讓他們品嚐到人類的恐怖。”
“吾主的想法呢？”維多利亞·漢德問道。
“我即是君主之手，我的權威來自於祂。”康斯坦丁平靜地說道，“執行命令，動員芬布林之冬第一機密團所有還能動員的人手，我會親自帶隊執行任務。”
秘密戰爭第一階段·前二十天
尼克·弗瑞被緊急從地牢裡提取出來，維多利亞·漢德沒有像往常一樣對著老上司大費口舌，試圖透過言語進行勸導，而是直接將那份情報拍在審訊桌上。
“你釀出的苦果不止九頭蛇。”漢德特工瞥了眼臉色越來越難看的尼克·弗瑞，“解決它，要不然我們所有人都會死。”
秘密戰爭第一階段·前十八天
將裝甲車偽裝成紐約SWAT的芬布林之冬第一機密團正在對一座公寓進行破門。
在行動之前，不朽之城已經對周邊地區的網路進行了控制，無論是電話還是網際網路都不可使用。不僅如此，深埋在不朽之城地下的人工智慧更是對附近所有攝像頭都進行了控制，附近巡邏的警察在偽造的電臺資訊的指示下遠離了這片區域，確保不會有任何關於此次行動的情報被無關人員獲取。
毫不知情的女人尖叫著抗議警方的暴力執法，然後就被士兵拖離了現場，房屋的男主人則在兩位穿著黑色防彈護甲士兵的挾持下跪倒在地。為首計程車兵對著那個男人說了些什麼，在得到自己想要的資訊之後，士兵拿出掛在大腿上的手槍對著男人的腦袋扣動扳機。這場可以被稱為處決的行為徹底暴露了男人的真面目，屬於人類的面板開始萎縮，頭髮慢慢縮了回去，光禿禿的頭頂上開始顯露出油膩的綠色面板以及淡紅色條紋，耳朵也開始變尖，像是故事中的精靈耳朵。士兵們立刻將屍體搬回裝甲車，然後將酸液傾倒在斯庫魯人留下的血液上，整個過程不超過三分鐘。
這是他們今天處決的第五位隱藏在紐約的斯庫魯人。
與此同時，接收到資訊的另一批士兵則驅車前往紐約市郊的一處倉庫。他們攜帶了爆破裝置與拆除裝置，打算對倉庫的混凝土地面進行破除。幾個小時後，一具完整的人類遺骸被發現，經過現場法醫的快速鑑定以及現場遺留的物證，這是一具人類男性遺骸，應該是那位被偽裝的房屋男主人。當士兵驅車離開之後，人工智慧匿名撥通了紐約市警局的電話，將倉庫裡存在遺骸的情況告知警方。另一邊正在安撫女主人情緒的警察也接到了通報，他們立即將女主人接到第八分局，要求她幫助辨認物證。
“紐約的斯庫魯人只有五人？”薩洛蒙摸了摸下巴，“比我想象的要少，我還以為斯庫魯人大多喜歡住在大城市。”
維多利亞·漢德對君主的題外話置若罔聞。“我們透過這些偽裝成人類的斯庫魯人的通訊記錄追蹤到了更多的斯庫魯人。”情報部門主管面色嚴肅，“但是現在我們的行動效率太過低下。為了確保外星人不會挾持人類作為人質，我們的行動時機十分苛刻。”