大熒幕上，故事繼續。
接下來的劇情並沒有出乎大家的預料，在胡桃夾子魔女不停地自我毀滅的時候，以小圓為主的主角團眾人登場了。
“那就是...魔女？”已經失去魔女相關記憶的麻美學姐似乎有點被嚇到了。
小圓扭頭看向沙耶香。
沙耶香開口道：“別害怕，別看她那樣，最痛苦的可是她自己。”
“真笑不出來啊。”杏子心情複雜地說了一句。
“等等，那是曉美焰，你們想和同伴戰鬥嗎？”
丘比日常蠱惑著，不過馬上就聽杏子說話帶刺的聲音：“你能說話啊？”
麻美學姐則說道：“很遺憾，丘比，看來我們只能相信貝貝的話了。”
“小圓，你是能拯救小焰的，只要你注意到你真正的力量。”丘比繼續蠱惑。
沙耶香卻說道：“別管它，小圓，沒事的，按我剛才跟你說的做就行了。”
事實上，小圓確實失去了作為圓神的記憶，但嚴格來說又不是真正的失憶，而是將記憶與部分力量存放在沙耶香和貝貝那裡。
沙耶香和貝貝因為死前受圓神的引導，獲得救贖，成為了類似“圓環之理隨從”的存在，也算是圓環之理的一部分，不過丘比的全部注意力都在小圓身上，根本沒想過沙耶香和貝貝會有什麼問題。
貝貝和沙耶香帶頭，主角團眾人與曉美焰化身的胡桃夾子魔女展開了一場大戰。
作為全篇的高潮，戰鬥無比精彩，尤其搭配高質量的BGM，帶給觀眾的是視覺與聽覺上的雙重享受。
不過，因為戰鬥的物件是曉美焰化身的胡桃夾子魔女，而且曉美焰並沒有因為魔女化而喪失全部的自我，以至於雖然戰鬥十分精彩，給人的感覺卻沒那麼爽。
戰鬥過程中，杏子與沙耶香之間的一段對話也讓人感覺有那麼一點點虐。
兩人背對背依靠著。
杏子告訴沙耶香：“我做了一個很不愉快的夢，夢裡你死去了，但其實夢境才是現實，現在我們兩個人並肩作戰反而是夢，是這樣嗎？沙耶香。”
沙耶香沉默了兩三秒，回答道：“這還沒有悲傷到...要稱作是夢，我本來以為自己沒有任何留戀的，但即便如此，我們最後還是接受了這樣的使命回來了，我果然還是...有些留戀吧，不該...留下你先走的。”
雖然身體背對著，但兩人各自的一隻手卻相互貼在一起，十指緊扣，聯絡TV本篇第九話的內容，再看這裡的對話，就給人一種又甜又虐的感覺。
在一場無比精彩的戰鬥之後，主角團眾人最終還是成功將魔女的結界打破，將孵化者的封印破除，從結界內的世界來到外面的現實世界。
現實世界一片荒涼，天空也黑漆漆的。
曉美焰雙手十指交叉併攏，閉著眼睛，安安靜靜地躺在一座石臺之上，身上斜斜地放著一根頂端帶花的黑色魔法杖。
麻美學姐將曉美焰已經染黑的靈魂寶石放在曉美焰的胸口處，隨後扭頭看向天空，看向月亮，神情有些落寞。
另一邊，杏子蹲在一根斜斜地插在地上的環形鐵條之上，滴咕道：“都走了嗎？沙耶香，還有你的貝貝。”
“不。”
麻美學姐回應道：“現在正要帶她走。”
杏子站了起來，看向天上的光亮之處：“那就是鹿目圓？”
“是啊，是以後終有一天將會指引我們的圓環之理。”麻美學姐有些感慨地說道。
天上，光亮之處，巨大的圓環顯現出來，由鮮花鋪就的道路直延伸向曉美焰躺著的那座石臺。
小圓一身圓神的裝扮，顯然已經取回了作為圓神的力量和記憶：“是啊，我是為了小焰...我居然忘了這麼重要的事...”
“嘛，因為有別的東西妨礙了我們，稍微饒了一下遠路。”
“真是的。”
沙耶香和百江渚在後面坐著象車，緊緊跟隨，各自說了一句，童心未泯的百江渚還在吹著泡泡。
石臺之上，曉美焰睜開眼睛，左右瞥了一眼，然後目光落在圓神身上。
“抱歉，讓你久等了，你一直努力到了今天吧？來，我們走吧，以後我們一直都在一起。”圓神溫柔地說著，靠近曉美焰的同時，朝曉美焰伸出雙手，要帶曉美焰離開。
看到這裡，大熒幕前的志賀貴還忍不住在想：果然是要帶走曉美焰的“美好團圓”的結局，不愧是林老賊的動畫。
不過轉念一想倒也可以理解，畢竟這可是曉美焰，曾經在同一時間無數次輪迴，只為了拯救小圓，小圓成神離她而去，除了她以外的所有人都不記得小圓了，這對她來說肯定是非常痛苦的事情，會淪為魔女倒也沒什麼好奇怪的。
如今，全篇的高潮已經結束，剩下尾聲，只能是以曉美焰被圓環之理帶走作為故事的結局了。
只是，就在他這麼想著的時候，下一個瞬間，大熒幕上的動畫電影忽然來了個神展開：
“是啊，就是這樣，我等...很久了...”
躺在石板上的曉美焰突然露出計謀得逞的笑容，然後忽地伸手一把抓住圓神的雙手。
“小焰？”圓神懵了。
“我終於...抓住你了。”曉美焰又說了一句。
與此同時，她的靈魂寶石好似有什麼東西在湧出來，而且變成比詛咒更可怕的顏色，讓所有人都驚了。
“那是什麼？慾望？執念？不，不對，曉美焰，你究竟...”沙耶香忍不住問道。
“你理解不了也正常，是啊，沒有人能夠理解，這份感情，是隻屬於我的，是隻為了小圓而存在的。”曉美焰有些扭曲地回答道。
小圓作為人類的部分，被曉美焰強行從圓神體內抽出，讓圓神分裂成兩部分。
之後，曉美焰的靈魂寶石被她自己一口咬碎，一顆新的寶石誕生，獨一無二的，只有她才擁有的特殊靈魂寶石。
世界被改寫，宇宙誕生了新的概念。
丘比感到十分驚訝：“究竟發生了什麼？曉美焰，你在對什麼進行干涉？你篡改了什麼？難以置信！盡染了詛咒的靈魂寶石，本應消亡的你的靈魂，為什麼...”
“因為我想起來了，直至今天我重複了無數次，受傷受苦的一切，都是為了小圓，所以，我現在才能連疼痛都感覺可愛，汙染了我的靈魂寶石的，甚至已經不是詛咒了。”曉美焰回答道。
“那究竟...？”丘比感到難以理解。
曉美焰神情愉悅：“你不可能理解的，孵化者，這才是人類感情的極致，它比希望更炙熱，比絕望更深邃...就是愛啊。”
“你究竟是什麼人？既不是魔法少女，也不是魔女，你究竟想變成什麼？”丘比有點慌了。
曉美焰一邊變身成新的形態，一邊回答：“是啊，現在的我，確實連魔女都算不上，畢竟我輕蔑侵蝕了那等同於神的神聖之物，能辦到這種事的，就只能稱之為‘惡魔’了吧？”
黑色的衣服，黑色的羽翼，確實像是惡魔的裝扮。
丘比這一回是真的怕了：“這下子明白了，要利用你們人類的感情太危險了，這種荒唐的結局，我們是無法完全控制的。”
說著，它就要直接跑路。
只是，曉美焰伸出一隻手，輕而易舉地就將它抓住，同時說道：“為了處理湧現在我們世界中的詛咒，今後還需要你們在，我可要讓你們好好幫忙哦，孵化者。”
她抓著丘比，肆意蹂躪，肆意玩弄，丘比卻只能眼睜睜地看著，什麼都做不了。
被改寫之後的世界，麻美和杏子迴歸原本的生活，沙耶香和百江渚則因為無法迴歸圓環之理，再度以人類的身份在世間生存，不過所有人的相關記憶，幾乎都被清除了。
教室裡面。
小圓以轉學生的身份進入原先的班級，給她的設定是：因為母親去國外出差，一家人一起在那裡生活了三年，直到上週才回到見瀧原。
課間，曉美焰帶小圓參觀學校，兩人有過一段對話：
“時隔許久回到故鄉，感覺如何？”
“感覺有些懷念，但又感覺有些不一樣，有些怪怪的。”
“這也難免，都過三年了。”
“不，我又感覺沒什麼不一樣，倒不如說，我感覺變了的不是這裡，而是我...對，我應該有著別的姿態，其他的使命，而我卻...為什麼？”
在小圓自我懷疑著的時候，她的眼睛變成金色，差點又要想起作為圓神的記憶，後面是曉美焰一把將她抱住，才讓她停止懷疑，恢復正常。
“沒事的，毫無疑問，你還是真正的你。”
曉美焰在小圓耳邊說了一句，很快又問道：“鹿目圓，你覺得這個世界珍貴嗎？比起慾望，你更重視秩序嗎？”
“這...那個...那是...”
小圓支吾著，好一會兒才回答道：“我...我覺得是珍貴的，我們還是不能擅自破壞規則的吧？”
“是嗎？”
曉美焰收回手，“那說不定，你以後會成為我的敵人，但是沒關係，即使這樣，我還是祈禱世界能讓你幸福。”
她將自己頭上的髮帶解下來，往小圓頭髮上系，繫好之後，看著小圓，眼角含淚道：“果然還是你更合適。”
城市百態一一展現，大家看起來似乎都過得十分幸福。
某個半月之夜。
曉美焰坐在懸崖邊的椅子上。
不遠處的草叢，有什麼東西動了一下，顯露出丘比的身影。
曉美焰瞥了一眼，起身，跳舞似地轉了幾個圈，然後從懸崖上一躍而下，留下滿身瘡痍，下場十分悽慘的丘比在地上瑟瑟發抖。
故事落幕，放映廳內的燈光亮起。
大熒幕前的志賀貴也忍不住長出一口氣。
前面就很精彩，沒想到最後還有神展開，不愧是動不動就有神展開的《魔法少女小圓》的劇場版。
質量太高了，難怪會有人稱這是最優秀的深夜動畫的劇場版，讓人想二刷的動畫電影，連他看完都想二刷了。