事實上，不只是志賀貴在思考，在猜測，動畫裡面的曉美焰也在猜測。
她對杏子、麻美、沙耶香這幾個人的話一一做了分析，同時暗暗想到：
“有人逃進了這不可能存在的世界中，並把大家牽扯了進來，背離了與魔獸戰鬥的使命，這種怯弱，決不能原諒！”
“魔法少女必須不斷戰鬥，這是許下奇蹟之願的代價，正因為我們這樣，她才挺身而出，想要拯救我們。”
“這種鬧劇，只是在糟蹋小圓的犧牲而已。無法原諒！”
搭配這段心理活動的，是一些晦澀難懂的分鏡畫面，比如有一個水面上的小船著火的畫面，又比如，幾個穿著魔女裝的小孩子扔著不知道是蘋果還是什麼的東西，說著“上帝已死”這樣的話。
資訊量很大，指代豐富，不過即使看不明白，倒也不影響對故事整體的理解。
小船載著曉美焰，在水中前進，突然，前方的橋上出現小圓的身影。
“小焰！”
小圓看到曉美焰之後，朝曉美焰喊了一聲。
曉美焰連忙抬手擦拭臉上沾染的鮮血，與此同時，小圓和丘比從橋上跳下來，跳到船上。
“太好了，我找了你好久，麻美學姐很擔心你，發生什麼了嗎？”小圓關心地問道。
“我...”
曉美焰扭過頭，避開小圓的視線。
之後，兩人一丘比，一起在街道上走著。
“小焰，你不能讓自己孤立，就算是我，也是能聽你說說的，雖然可能派不上任何用場，但我還是覺得，這比孤獨一人煩惱要強得多。”
小圓說著，停下腳步，轉身看向曉美焰，“小焰痛苦的時候，我卻什麼也辦不到，這樣我也很難受的。”
兩人來到之前共賞夜色的花圃旁。
“我啊，做了一個很可怕的夢...你去了一個遙遠到再也無法相見的地方，然而世界上的所有人都忘記了這件事，只有我一個人還記得小圓，被拋棄在了世上。”
曉美焰帶著哭腔，悲傷地說著，很快便跑到花圃之中，背對著小圓，伏地痛哭起來：“我孤獨，我難過，可這心情卻無法得到任何一個人的理解，漸漸便開始懷疑有關小圓的記憶是不是我自己捏造出來的，連自己都開始不相信自己了。”
小圓走到曉美焰身邊，安慰道：“那可真是個討厭的夢呢，但沒事的，我不可能會一個人去往遠到再也無法與任何人相見的地方。”
曉美焰抬頭看向小圓，眼中淚光閃爍：“為什麼？你為什麼能這麼確定？”
小圓輕擁著曉美焰，在曉美焰耳邊說道：“因為那可是我哦，連小焰都會因此哭泣的痛苦的事，我怎麼可能忍受得了？”說著，還在曉美焰頭髮上摸了摸。
曉美焰頓時有些意外：“對你來說，那也是痛苦到忍受不了的事？”
“當然了，小焰、沙耶香、麻美學姐和杏子，爸爸、媽媽、達也，還有仁美和班上的同學們，我和誰都不想分別，就算是別無他法的時候，我也沒有這種勇氣的。”小圓一邊說著，一邊幫曉美焰編織麻花辮。
曉美焰卻忍不住回想起有關小圓的一幕幕，然後她恍然大悟：“對...是這樣啊，如果這就是你真正的想法，那我是...犯下了一個多傻的錯...我果然不該接受的，當時我就應該無論使用什麼手段，都必須阻止你。”
眼淚從她的臉頰滑落，滴落在地，地上的花全部變了顏色，周圍一大片區域，好像都被染黑了。
“你啊，就算你知道那是多麼痛苦的事，你都有勇氣選擇去做的，當你知道有一件事只有你才能辦到的時候，你會變得連你自己都不曾想到地溫柔與堅強，我是知道的。”
花朵枯萎，一大片蒲公英飛上天空。
曉美焰從小圓肩膀上離開，同時說道：“果然連小圓也什麼都不記得了，我本來以為你是幻影，以為是某人制造出來的假象，要不然，我們怎麼可能像這樣再次相見？無論怎麼想都很奇怪，但我知道，你是真正的小圓，能像這樣一起聊天，能再次對我溫柔，我真的好高興，謝謝你，我這樣，就已經足夠幸福了。”
尚未編織好的麻花辮散開。
很快，曉美焰就站了起來，表示還有事情沒做完，然後在小圓的疑惑之下，轉身跑遠了。
故事到這裡，真正的魔女是誰已經再無疑問。
曉美焰在做過靈魂寶石與身體分離的試驗之後，也得到確認：真正的魔女就是她，別說人類，她已經連魔法少女都不是了。
她正絕望著，丘比突然出現，告訴她，現實世界中的她已經變成魔女，但因為孵化者的干預，所以又沒有完全魔女化。
當初丘比從曉美焰那裡聽說了魔女的存在，為了驗證，它們就從外部干預曉美焰的靈魂寶石，使別的外部干涉被切斷，但來自內部的干涉又不會被隔絕，因此，包括小圓在內的一些人進入結界內，被改寫了記憶，形成了虛假的見瀧原。
丘比的目的是透過觀測圓環之理，對其進行干涉和控制，從而進一步回收能量，但結界內的小圓雖然是真的，卻並沒有身為圓神的記憶和自覺，根本無法觀測，因此它催促曉美焰向小圓尋求救濟，好讓小圓能夠恢復相關記憶。
不過，曉美焰並不打算讓丘比的陰謀得逞，甚至她對丘比的這一做法感到十分生氣，她自發召集詛咒，拒絕救贖的同時，不停地虐殺丘比。
當詛咒突破極限，新的魔女終於誕生——胡桃夾子魔女。
使魔大軍如同正在接受檢閱般威嚴地走著，這位魔女卻在自我斬首，自我踐踏，輪迴著直到此岸處刑為止的葬禮。
“這就是...魔女。”
“我的感情追隨而來，只有光輝與後悔...還留在我的記憶中。”
“啊，這就是...我的...絕望...”
“小圓...謝謝你來這種地方接我，最後沒能和你道別...對不起。”
淒涼的BGM，搭配胡桃夾子魔女自我處刑的畫面，加上聲優的完美演繹，讓整個電影的悲傷氛圍達到極致，甚至彷佛從大熒幕上穿透而出，瀰漫在整個放映廳中，讓大熒幕前的許多觀眾潸然淚下。
整個電影的劇情矛盾也來到最高峰，讓人期待“英雄”的降臨，而這個“英雄”，當然就是以小圓為主的主角團眾人。